¿Porque ese trato especial a la hora de pagar impuestos?

Si un ciudadano aleman que trabaja en España paga sus impuestos en España, ¿porque una empresa que ejerce su actividad en España puede no pagar sus impuestos en España?.

Todas las empresas que desarrollan su actividad en España deberian facturar todos sus movimientos a través de la filial española y pagar sus impuestos, igualmente, a través de su filial española.